根据《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006—2020）》，我国国家创新体系是以政府为主导、充分发挥市场配置资源的基础性作用、各类科技创新主体紧密联系和有效互动的社会系统。现阶段，中国特色的国家创新体系建设重点有如下五方面：一是建设以企业为主体、产学研结合的技术创新体系，并将其作为全面推进国家创新体系建设的突破口；二是建设科学研究与高等教育有机结合的知识创新体系；三是建设军民结合、寓军于民的国防科技创新体系；四是建设各具特色和优势的区域创新体系；五是建设社会化、网络化的科技中介服务体系。
高等学校肩负着人才培养、科学研究和社会服务三大职能，是国家创新体系的主要执行主体，在国家创新体系建设中发挥着举足轻重的作用。根据《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006—2020）》的设计，建设技术创新体系，要求产学研结合，在大幅度提高企业自身技术创新能力的同时，建立科研院所与高等院校积极围绕企业技术创新需求服务、产学研多种形式结合的新机制；建设知识创新体系要求以建立开放、流动、竞争、协作的运行机制为中心，促进科研院所之间、科研院所与高等院校之间的结合和资源集成，特别是发展研究型大学，努力形成一批高水平的、资源共享的基础科学和前沿技术研究基地；建设区域创新体系，要求发挥高等院校、科研院所和国家高新技术产业开发区在区域创新体系中的重要作用，增强科技创新对区域经济社会发展的支撑力度；建设科技中介服务体系，要求充分发挥高等院校、科研院所和各类社团在科技中介服务中的重要作用。同时，在国防科技创新体系建设方面，从宏观管理、发展战略和计划，到科技人才的培养、研究开发活动和科技产业化，都要求高等学校的积极参与。总之，高等学校是国家创新体系的重要主体，在国家创新体系的各个方面都发挥着重要的作用，可以为建设创新型国家和人力资源强国提供强有力的知识、技术和人才支撑。