在武器选择方面，几乎所有文明使用的都是能量武器作为主武器，虽然在星际联邦兴起之后，也有不少文明开始使用相位导弹这种武器，但他们也都是作为辅助武器而少量携带这种弹药的。
毕竟导弹这玩意儿最大的缺点，就是它是实体弹药，而且体积还不小，越是威力强大的导弹，其体积也往往非常巨大，动辄就是直径几米，长达十几米甚至几十米的大家伙。
而这种导弹还非常脆弱，所以携带十分不易，为了保养和维护这些导弹，其他文明需要花费很大的时间和成本，这就导致了他们都无法使用相位导弹作为主武器来进行作战。
而星际联邦不同，他们一开始使用导弹完全是因为过快的接触了高等文明，导致自身的能量武器还没发展起来，就需要和高等文明一争长短，在这种时候，人类只能另辟蹊径的在常规导弹的基础上，发展出了相位导弹技术。
而人类的舰船在设计的时候，本身就有导弹库的规划，再加上秦浩掌控虫群之后，他又提供了一种新的解决方案，那就是用一种类似于虫巢腔体的生物组织来存储导弹，让每一枚导弹都被生物组织覆盖，进而使这些导弹都能得到保护。
但关于导弹武器的最致命缺点，直到现在星际联邦也没有解决，那就是载弹量和持续作战能力的问题，虽然相位导弹的威力非常恐怖，但一艘飞船的体积是有限的，它不可能无限制的携带导弹，所以打光了弹药之后，它就会失去战斗能力。